Lázadóból lesz a hajótörött

Később az ő története ihlette Daniel Defoe-t a Robinson Crusoe című regény megírására.
Selkirk a Cinque Ports nevű hajó kormányosa volt, ami 1703-ban indult a Csendes-óceán déli részének felfedezésére. A regényben Robinson hajótöröttként vetődik ki egy lakatlan szigetre, a valóságban azonban Selkirket egyszerűen kitették lázadás miatt, amikor a hajó megállt friss vizet felvenni a szigetnél. Selkirk csak saját magára hagyatkozhatott az ott töltött ötvenkét hónap alatt. A sziget –  amelyet 1966 óta Robinson Crusoe-szigetnek neveznek – Chile partjaitól 600 kilométerre fekszik. Itt vette fel 1709-ben egy hajó a kitett egykori kormányost. A története alapján készült világhírű regény tíz évvel később jelent meg. Máig nem tudni, vajon Defoe ismerte-e a tengerészt, vagy csak a szájról szájra terjedő történet alapján írta meg világhírűvé vált regényét. (Bár az utóbbi feltételezésnek ellentmond, hogy nagyon is pontosan idézte fel a körülményeket, noha természetesen írói eszközökkel kiszínezte azokat.)
A régészek most megtalálták a szigeten Selkirk egykori táborának maradványait, ami minden kétséget kizáróan alátámasztja a skót matróz történetét. Megtaláltak egy navigációs műszert, ami a Cinque Portsról származott, és a matróz fegyverét, amivel kecskékre vadászott, amíg tartott a lőszer. Selkirk két tábort is épített magának, az egyiket egy forrás mellé, a másikat pedig a sziget legmagasabb pontján, ahonnan a tengert tudta kémlelni közeledő hajók után. A Skót Nemzeti Múzeum vezetője szerint a most feltárt táborhelyek népszerű turistacélponttá tehetik a helyet.