Vértanú lett a kedvenc papocskából

A lengyel apától és német anyától származó Gonzeczky pappá szentelését követően tábori lelkésznek szegődött. 1842-ben Milánóban szolgált, ott találkozott újból a Bécsben korábban már megismert Haynau báróval. A környékén, Bresciában volt ugyanis a Haynauk ősi fészke. (A bárót azért emlegetik „bresciai hiénaként”, mert 1849 tavaszán szülőhelyén kegyetlenül vérbe fojtott egy lázadást.) Később a 41 éves Gonzeczkyt Milánóból Mezőhegyesre helyezték, ahol az új katolikus templomot 1846 júniusában ő szentelte fel.
Az akkor már több mint hat évtizedes, osztrák uralom alatt álló ménesintézetet a forradalom, majd szabadságharc sajátos helyzetben érte. Parancsnoka csak vonakodva hajtotta végre a Csanád vármegyei polgári közigazgatás kéréseit, és a magyar hadseregnek sem bocsátott rendelkezésére elegendő jól képzett lovat. Isten házát azonban más szellemiség hatotta át. Noha a tábori lelkésznek egzisztenciális biztonságot nyújtott a császári udvar, a kiszolgáltatottságot és az alárendeltséget nehezen tűrő pap a magyar forradalom eszmeiségét hirdette a szószékről. Mellőzte a misék utáni szokásos imádságot a császárért, buzgón fohászkodott viszont a szabadságharc katonáiért, és felolvasta a híveknek a Habsburg-ház trónfosztását is.
Amikor 1849. augusztus 7-én a császáriak „visszafoglalták” Mezőhegyest, a magyar üggyel szimpatizáló tisztekkel együtt letartóztatták a rebellis tábori lelkészt is. Haynau állítólag dühöngött, amikor megtudta, hogy az általa jól ismert és „kedvenc papocskámnak” titulált Gonzeczky is elárulta őt. A hadbíróság a tanúvallomások alapján felségsértés bűntettében találta vétkesnek a katonapapot. Október 6-án, a 13 aradi vértanú kivégzésének napján jóváhagyták a halálos ítéletet, ám az akasztást golyó általi kivégzésre enyhítették.
Gonzeczky Jánost 1849. október 8-án, hajnalban végezték ki. Az ítéletről szóló okmányban ez olvasható: „Puskaporral és golyóval végrehajtatott.”