A megyék mezőgazdaságát is a kormányhivatalok irányítják

A megyei kormányhivatal élelmiszerlánc-biztonsági és állategészségügyi igazgatóságai önálló feladat- és hatáskörrel rendelkező szervezeti egységei a kerületi állat-egészségügyi és élelmiszer-ellenőrző hivatalok (kerületi hivatal). A Növény- és Talajvédelmi Igazgatóság – növényvédelem, talajvédelem, növénytermesztés, növényi termékek élelmiszer-biztonsági hatósági feladatok, zöldség-gyümölcs ellenőrzés; A Földművelésügyi Igazgatóság – mezőgazdasági igazgatás, vadászat, halászat; az Élelmiszerlánc-biztonsági és Állategészségügyi Igazgatóság – élelmiszer-biztonság, élelmiszerminőség-ellenőrzés, takarmány-ellenőrzés, állategészségügy, állattenyésztés, borászat; az Erdészeti Igazgatóság – erdészeti igazgatás tartozik. A falugazdász-hálózat a kerületi hivatalok keretében működik tovább.

2011. január 1-jétől a Mezőgazdasági Szakigazgatási Hivatal Központ a tevékenységét Mezőgazdasági Szakigazgatási Hivatalként végzi. A megyei kormányhivatalok mezőgazdasági szakigazgatási szerveinek szakmai irányítását az MgSzH végzi, a szakmai irányító szerv vezetőjének jogait az MgSzH elnöke gyakorolja. A megyei kormányhivatalok mezőgazdasági szakigazgatási szervei első fokon hozott döntésénél másodfokú hatóságként az MgSzH jár el.